尽管指纹识别技术已经进入了民用领域，但是其工作原理其实还是比较复杂的。与人工处理不同，生物识别技术公司不直接存储指纹的图像。该方式适应能力强，对使用环境无特殊要求，同时，硅晶元以及相关的传感原件对空间的占用在手机设计的可接受范围内，因而使得该技术在手机端得到了比较好的推广。在登记过程中，用户需要先采集指纹，然后计算机系统将自动进行特征提取，提取后的特征将作为模板保存在数据库或其他的地方。
这也直接导致厂商全都将目光锁定在了操作随意、识别率更高的按压式(电容)指纹模块。在很多场合，用户可能还要输入其他的一些辅助信息，以帮助系统进行匹配，如帐号、用户名等。此过程是一个通用的过程，对所有的生物特征识别技术都适用。总体特征是指那些用人眼直接就可以观察到的特征。端点和分叉点是为常用的特征。通常的算法都要记录它们的位置和方向。
电容式指纹识别是利用硅晶元与导电的皮下电解液形成电场，指纹的高低起伏会导致二者之间的压差出现不同的变化，指纹打卡机，借此可实现准确的指纹测定。在识别或验证阶段，用户首先要采集指纹，然后经系统自动进行指纹库模板比对，然后给出比对结果。目前的电容式指纹模块也分为划擦式与按压式两种，前者虽然占用体积较小，但在识别率以及便捷性方面有很大的劣势。
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